第一シーズン
1 聖なる神殿の謎 パート１
2 聖なる神殿の謎 パート２
3 スペース・テロリスト ターナ・ロス
4 宇宙ステーション殺人事件
5 恐怖のウイルス
6 ワーム・ホールから来たエイリアン
7 超生命体”Ｑ”
8 共生結合体生物”トリル族”
9 宇宙囚人バンティカ
10 死のゲーム
11 宇宙商人フェレンギ星人
12 エイリアン殺人事件
13 戦慄のガンマ宇宙域
14 混迷の惑星”ベイジョー”
15 第５の月”ジェラドー”
16 夢幻の刻
17 機械じかけの命
18 反逆のテレパス・エネルギー
19 謎のカーデシア星人
20 預言者の導き
第二シーズン
21 帰って来た英雄 パート１
22 帰って来た英雄 パート２
23 帰って来た英雄 パート３
24 突然の侵入者
25 戦慄のカーデシア星人
26 エレージアン星人
27 フェレンギ星人の掟
28 殺しの密告者
29 愛の幻影
30 さまよえるスクリーア星人
31 詐欺師エル・オーリアン星人
32 流動体生物の秘密
33 最終兵器解体の陰謀
34 オブライエンの孤立
35 自然回帰
36 幻影の村
37 宇宙の原型
38 クワークの愛
39 血の誓い
40 戦争回避〜前編〜
41 戦争回避〜後編〜
42 義務と友情
43 二人のキラ
44 密告者
45 疑惑の法廷
46 新たなる脅威
第三シーズン
47 ドミニオンの野望（前編）
48 ドミニオンの野望（後編）
49 クワークの結婚
50 仮面の幻影
51 恐るべき過去
52 捨て子の秘密
53 暴徒制圧モード始動
54 次元移動惑星Ｍ
55 奪われたディファイアント
56 恋の感謝祭
57 ２０２４年暴動の夜（前編）
58 ２０２４年暴動の夜（後編）
59 バライルの死
60 可変種の定め
61 三匹の毒蛇
62 新・金儲けの秘訣
63 ＤＳ９破壊工作
64 老化促進テレパシー
65 鏡の裏のシスコ
66 姿なき連合艦隊（前編）
67 姿なき連合艦隊（後編）
68 夢の古代船
69 クワークの母
70 シャカールの乱
71 クルゾンの秘密
72 忍び寄る可変種の脅威
第四シーズン
73 クリンゴンの暴挙（前編）
74 クリンゴンの暴挙（後編）
75 父と子
76 苦悩するジェム・ハダー
77 デュカットの娘
78 禁じられた愛の絆
79 フェレンギ人因わる
80 ディファイアントの危機
81 カーレスの剣
82 ドクター・ノア
83 地球厳戒令（前編）
84 地球厳戒令（後編）
85 ジェラシー
86 新たなる戦線
87 モーグの息子達
88 ロムの反乱
89 選ばれし者の困惑
90 裁かれるウォーフ
91 つくられた記憶
92 鏡あわせのジェニファー
93 二人の女神
94 裏切り者は誰だ
95 戦士の宿命
96 星に死の満つる時
97 クワーク、絶体絶命
98 可変種の脅威・第二幕〜前編〜
第五シーズン
99 可変種の脅威・第二幕〜後編〜
100 神の船
101 クワークの再婚
102 戦う勇気
103 ケイコのために
104 伝説の時空へ
105 享楽の星・ライサ
106 秘められた過去
107 あの頂きを目指せ
108 預言者シスコ
109 一人、また一人、そして…
110 幼き命
111 エディングトンの逆襲
112 敗れざる者〜前編〜
113 敗れざる者〜後編〜
114 ジュリアンの秘密
115 オドーの恋
116 武器を売る者
117 父死す
118 愛の値段
119 我らクリンゴン
120 末裔の星
121 最後のテロリスト