ファフナー
機体名	識別コード	搭乗者	特徴等
ノーティングモデル	マークエルフ	真壁一騎	11番機。機体の色は紺。第2話で機体が大破した後、 2番機マークツヴァイにコクピットを移植した。
ノーティングモデル	マークツヴァイ	蔵前果林	2番機。機体の色は藍色。果林が乗る予定だった。 マークエルフのコクピットを移植した。
ノーティングモデル	マークゼクス	狭間翔子	6番機。機体の色は白く飛行機能を持つ。マークジーベンと同型機。 第6話で一騎がスフィンクスA型種と戦ってる最中、 島を守るためフェンリルを起動しスフィンクスB型種と共に自爆。
ノーティングモデル	マークドライ	要咲良/ カノン・メンフィス	3番機。機体の色はオレンジ。マークエルフと同型機。 咲良が第一同化状態になった後はカノンが搭乗。
ノーティングモデル	マークフィアー	春日井甲洋	4番機。機体の色は灰色。第6話で 真矢と溝口さんを救出した際、スフィンクスA型種に同化される。 甲洋はなんとか連れ出す。マークアハトと同型機。
ノーティングモデル	マークアハト	近藤剣司	8番機。機体の色は深緑。マークフィアーと同型機。 射撃が専門の機体かな？？？
ノーティングモデル	マークフュンフ	小楯衛	5番機。機体の色は紫。イージスを搭載した守備用の機体。 第22話「守護〜ちから〜」でスカラベ型によって破壊される。衛は死亡。
ノーティングモデル	マークジーベン	遠見真矢	7番機。機体の色は赤紫。マークゼクスと同型機。 ドラゴントゥースを搭載してる（真矢だからだけどｗ。
ノーティングモデル	マークアイン	日野道生	1番機。機体の色は白。第23話でフェンリルを開放。 道生は脱出しようとしたがマークニヒトに潰される。
グノーシスモデル		新国連軍	新国連軍の使うコアのいらない量産型ファフナー。弱いｗ。
ベイバロンモデル		カノン・メンフィス	新国連軍機。機体の色は赤。 一騎に破壊されそうになるが、一騎は手をと止める。 第23話でマークニヒトの攻撃を食らい破壊された。
メガセリオンモデル	マスターセリオン	日野道生	新国連軍機。機体の色は青。 第22話でスカラベ型に破壊される。
ザルヴァートルモデル	マークザイン	真壁一騎	マークエルフ(ツェーン)のコアを移植した新型ファフナー。機体の色は白。 モルドヴァの新国連軍基地に群がったフェストゥムを同化し完成。 とにかく強すぎるｗ。
ザルヴァートルモデル	マークニヒト	イドゥン (狩谷由紀恵同化)	狩谷さんごとイドゥンが同化。機体の色はマークザインと対照的な黒。 最終話「蒼穹〜そら〜」で一騎を追いかけてくるが破壊。

フェストゥム
フェストゥム名	特徴等
スフィンクスA型種	「あなたはそこにいますか。」という言葉と共に来襲する人型フェストゥム。一番良く出てくる型。
スフィンクスB型種	スフィンクスA型種の強化版(?)。竜宮島に来襲したが翔子がフェンリルを起動し破壊。
スフィンクスC型種	長距離攻撃型のスフィンクス型。
スフィンクスD型種	最終話で登場。PSP版にて名前が判明。
イドゥンスフィンクス型	マスター型フェストゥム:イドゥンが生み出したスフィンクス型。マークザインに同化された。
アルヘノテルス型	グレンデル型を生み出し統括する。アーカディアン・プロジェクトで作られたもう一つのの島で出現。
グレンデル型	アルヘノテルス型によって生み出され統括される。小さく噛み付く攻撃をする。 ファフナーにはそこまで脅威ではないが小さい分通路などにも潜入できる。
コアギュラ型	同化のみを行うフェストゥム。竜宮島に同化された甲洋を迎えに来た。
アヌビス型	プレアデス型を生み出し統括する。PSP版ではアヌビス型がプレアデス型となっている。
プレアデス型	張り付き自爆攻撃を仕掛ける小型フェストゥム。アヌビス型によって生み出され統括される。 PSP版ではアルキオネ型となっている。
スカラベ型	攻撃を跳ね返してくるフェストゥム。 ジークフリード・システムを持っていこうとするが衛と一騎によってなんとか阻止される。
コア型	皆城乙姫。竜宮島の核でブリュンヒルデシステムを統括する。 世界に数人しかいないフェストゥムと人の融合独立固体の一人。
スレイヴ型	コアギュラ型から分岐した型。春日井甲洋が同化能力をなくしこの型に落ち着いた。 世界に数人しかいないフェストゥムと人の融合独立固体の一人。
マスター型	ミョルニア(真壁紅音)やイドゥンがこれにあたる。人類を理解する人格を持つフェストゥム。

キャラクター
キャラクター名	説明
真壁一騎	マークエルフ/マークザインの搭乗者。主人公です。
真壁史彦	一騎の父。アルヴィスの総司令官。
真壁紅音	一騎の母。フェストゥムに同化されマスター型:ミョルニアとなった。
皆城総士	ジークフリード・システムを使う。一騎の親友。
皆城乙姫	総士の妹でブリュンヒルデ・システムを統括するコア型。
皆城公蔵	総士の父で村長でアルヴィスの元総司令官。2話で死亡。
蔵前果林	マークツェーンに乗る予定だった事実上公蔵の養子。
遠見真矢	マークジーベンの搭乗者。シナジェティックコードの形成値は一番高い。
遠見弓子	真矢の姉で保険医。人工子宮なしで道生との子供を授かる。
遠見千鶴	真矢の母で保険医。
春日井甲洋	マークフィアーの搭乗者。第9話で同化されスレイヴ型となる。
春日井正浩	甲洋の父。新国連のスパイで昇進のことしか頭にない。
春日井諒子	甲洋の母。新国連のスパイで昇進のことしか頭にない。
要咲良	要流柔術で男も投げ飛ばすマークドライの搭乗者。同化第一段階になる。
要澄美	咲良の母で要流柔術師範。
要誠一郎	咲良の父。第1話で戦闘機で死亡。
小楯衛	マークフュンフの搭乗者。第22話のスカラベ型来襲時に死亡。
小楯保	衛の父でメカニック。人気(?)漫画・機動侍ゴーバインの作者。死亡。
小楯千沙都	衛の母。第23話で人々を庇い死亡。
狭間翔子	マークゼクスの搭乗者。スフィンクスB型種と共に自爆して死亡。
狭間容子	翔子の母。甲洋からショコラを預かり飼う。後にカノンとも一緒に住む。
近藤剣司	マークアハトの搭乗者。ファフナーに乗ると臆病になるが蒼穹作戦でも活躍する。
近藤彩乃	剣司の母。学校の先生。
西尾里奈	真矢の後輩。オペレーターを担当している二年生。
堂馬広登	将来はアイドル志望。竜宮島のテレビに出演。
堂馬量平	広登の父。学校の先生。
立上芹	西尾里奈のクラスメート。
手塚一平	メカニック。保の死後指揮をとっていた。弓子をかばって死ぬ。
西尾行美	駄菓子屋のおばちゃん。
溝口恭平	いつも酒を飲んでいる。真矢と一緒に一騎のところに行ったりとなんかすごい人。 銃の腕が良くフェストゥムとも戦うｗ。史彦の旧友。
ヘスター・ギャロップ	新国連事務総長。
ミツヒロ・バートランド	真矢の父で新国連軍。最後はマークニヒトによって殺される。
狩谷由紀恵	新国連とスパイでミツヒロを好きらしい。イドゥンに同化される。
日野道生	父・洋治と共に竜宮島をでて新国連にいく。弓子・由紀恵と同級生。 新国連ではメガセリオンモデル・マスターセリオンに乗っていた。 竜宮島に着てからはマークアインに乗るがマークニヒトによって殺される。
日野恵美	道生の母。第2話で死亡。
日野洋治	道生の父。道生と一緒に島を出る。マークザインの製造者。
カノン・メンフィス	新国連ではベイバロンモデルを竜宮島では咲良の代わりにマークドライに乗る。 挟間家に住み一騎に気があるｗ？
ショコラ	甲洋が飼っていた犬。今は容子に飼われている。