| No. | 作品名 | 発表年 | 出版社 | 備考 |
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| 1 | 森博嗣のミステリィ工作室 | 1999/03 2001/12 |
メディアファクトリー 講談社文庫 |
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| 2 | すべてがＥになる | 2000/01 2001/12 |
幻冬舎 幻冬舎文庫 |
WEB日記 |
| 3 | 毎日は笑わない工学博士たち | 2000/07 2002/08 |
幻冬舎 幻冬舎文庫 |
WEB日記 |
| 4 | 臨機応変・変問自在 | 2001/04 | 集英社新書 | |
| 5 | 封印サイトは詩的私的手記 | 2001/07 2003/08 |
幻冬舎 幻冬舎文庫 |
WEB日記 |
| 6 | アイソパラメトリック | 2001/11 2006/03 |
講談社 講談社文庫 |
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| 7 | 君の夢・僕の思考 | 2002/06 2005/06 2009/05 |
PHP研究所 PHP文庫 講談社文庫 |
エッセイ・対談 |
| 8 | 臨機応変・変問自在2 | 2002/09 | 集英社新書 | |
| 9 | 悪戯王子と猫の物語 | 2002/10 2006/03 |
講談社 講談社文庫 |
絵・ささきすばる |
| 10 | 猫の建築家 | 2002/10 2006/12 |
光文社 光文社文庫 |
画・佐久間真人 |
| 11 | 議論の余地しかない | 2002/12 2008/10 |
PHP研究所 講談社文庫 |
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| 12 | ウェブ日記レプリカの使途 | 2003/02 2004/02 |
幻冬舎 幻冬舎文庫 |
WEB日記 |
| 13 | 森博嗣の浮遊研究室 | 2003/03 | メディアファクトリー | |
| 14 | 100人の森博嗣 | 2003/03 2005/11 2011/09 |
メディアファクトリー メディアファクトリー文庫 講談社文庫 |
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| 15 | アンチ・ハウス | 2003/06 | 中央公論新社 | |
| 16 | MATEKI 魔的 | 2003/07 2007/02 |
PHP研究所 中公文庫 |
詩集 |
| 17 | ミニチュア庭園鉄道 | 2003/07 | 中公新書 | |
| 18 | 森博嗣の浮遊研究室2 ＜未来編＞ | 2003/10 | メディアファクトリー | |
| 19 | 蜥 蜴 | 2003/10 | 中央公論新社 | 絵・ささきすばる |
| 20 | 森博嗣の浮遊研究室3 ＜宇宙編＞ | 2004/03 | メディアファクトリー | |
| 21 | 数奇にして有限の良い終末を | 2004/04 2006/02 |
幻冬舎 幻冬舎文庫 |
WEB日記 |
| 22 | 工作少年の日々 | 2004/07 2008/01 |
集英社 集英社文庫 |
エッセイ |
| 23 | ミニチュア庭園鉄道2 | 2004/08 | 中公新書 | |
| 24 | 的を射る言葉 | 2004/09 2010/11 |
PHP研究所 講談社文庫 |
一言集 |
| 25 | 人間は考えるFになる | 2004/09 2007/03 |
講談社 講談社文庫 |
共著：土屋賢二 対談本 |
| 26 | STAR EGG 星の玉子様 | 2004/11 2007/12 |
文藝春秋 文春文庫 |
絵本 絵も森博嗣 |
| 27 | 森博嗣の浮遊研究室4 ＜鳳凰編＞ | 2004/11 | メディアファクトリー | |
| 28 | 蛟 竜 | 2004/11 | 中央公論新社 | 絵・ささきすばる |
| 29 | ミニチュア庭園鉄道3 | 2005/03 | 中公新書 | |
| 30 | 森博嗣の浮遊研究室5 ＜望郷編＞ | 2005/07 | メディアファクトリー | |
| 31 | 大学の話をしましょうか | 2005/10 | 中公新書 | |
| 32 | 森博嗣のTOOL BOX 森博嗣の道具箱 |
2005/10 2008/02 |
日経BP社 中公文庫 |
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| 33 | MORI LOG ACADEMY 1 | 2006/03 | メディアファクトリー | |
| 34 | 悠悠おもちゃライフ | 2006/06 2007/07 |
小学館 講談社文庫 |
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| 35 | MORI LOG ACADEMY 2 | 2006/06 | メディアファクトリー | |
| 36 | MORI LOG ACADEMY 3 | 2006/09 | メディアファクトリー | |
| 37 | STAR SALAD 星の玉子様2 | 2006/10 2009/11 |
文藝春秋 文春文庫 |
絵本 |
| 38 | MORI LOG ACADEMY 4 | 2006/12 | メディアファクトリー | |
| 39 | MORI LOG ACADEMY 5 | 2007/03 | メディアファクトリー | |
| 40 | Day & Night 昼も夜も | 2007/04 | 中央公論新社 | 絵・ささきすばる |
| 41 | MORI LOG ACADEMY 6 | 2007/06 | メディアファクトリー | |
| 42 | MORI LOG ACADEMY 7 | 2007/09 | メディアファクトリー | |
| 43 | MORI LOG ACADEMY 8 | 2007/12 | メディアファクトリー | |
| 44 | MORI LOG ACADEMY 9 | 2008/03 | メディアファクトリー | |
| 45 | MORI LOG ACADEMY 10 | 2008/06 | メディアファクトリー | |
| 46 | 庭園鉄道趣味 欠伸軽便鉄道弁天ヶ丘線 |
2008/07 | 講談社 | |
| 47 | MORI LOG ACADEMY 11 | 2008/09 | メディアファクトリー | |
| 48 | 森博嗣の半熟セミナ 博士、 質問があります！ |
2008/12 2011/01 |
講談社 講談社文庫 |
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| 49 | MORI LOG ACADEMY 12 | 2008/12 | メディアファクトリー | |
| 50 | DOG & DOLL | 2009/03 2011/07 |
TOKYO FM 出版 講談社文庫 |
音楽エッセイ |
| 51 | MORI LOG ACADEMY 13 | 2009/03 | メディアファクトリー | |
| 52 | 庭園鉄道趣味 庭蒸気が走る毎日 |
2009/07 | 講談社 | |
| 53 | 自由をつくる 自在に生きる | 2009/11 | 集英社新書 | |
| 54 | 創るセンス 工作の思考 | 2010/02 | 集英社新書 | |
| 55 | TRUCK & TROLL | 2010/03 2012/06 |
TOKYO FM 出版 講談社文庫 |
音楽エッセイ |
| 56 | 小説家という職業 | 2010/06 | 集英社新書 | |
| 57 | 自分探しと楽しさについて | 2011/02 | 集英社新書 | |
| 58 | 科学的とはどういう意味か | 2011/06 | 集英社新書 | |
| 59 | つぶやきのクリーム The cream of the notes |
2011/09 2012/09 |
講談社 講談社文庫 |
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| 60 | 失われた猫 | 2011/12 | 光文社 | 画・佐久間真人 |
| 61 | 常識にとらわれない100の講義 | 2012/07 2013/09 |
大和書房 大和文庫 |
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| 62 | 人間はいろいろな問題について どう考えていけば良いのか |
2013/03 | 新潮新書 | |
| 63 | 「やりがいのある仕事」という幻想 | 2013/05 | 朝日新書 | |
| 64 | 「思考」を育てる100の講義 | 2013/08 2014/09 |
大和書房 だいわ文庫 |
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| 65 | つぼやきのテリーム The cream of the notes2 |
2013/12 | 講談社文庫 | |
| 66 | 素直に生きる100の講義 | 2014/08 2015/08 |
大和書房 だいわ文庫 |
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| 67 | 孤独の価値 | 2014/11 | 幻冬舎新書 | |
| 68 | つぼねのカトリーヌ The cream of the notes3 |
2014/12 | 講談社文庫 | |
| 69 | 本質を見通す100の講義 | 2015/07 2016/09 |
大和書房 だいわ文庫 |
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| 70 | 作家の収支 | 2015/11 | 幻冬舎新書 | |
| 71 | ツンドラモンスーン The cream of the notes4 |
2015/12 | 講談社文庫 | |
| 72 | 正直に語る100の講義 | 2016/08 2017/08 |
大和書房 だいわ文庫 |
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| 73 | つぼみ茸ムース The cream of the notes5 |
2016/12 | 講談社文庫 | |
| 74 | 夢の叶え方を知っていますか？ | 2017/01 | 朝日新書 | |
| 75 | MORI Magazine | 2017/07 2018/08 |
大和書房 だいわ文庫 |
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| 76 | 道なき未知 | 2017/11 | KKベストセラーズ | |
| 77 | つぶさにミルフィーユ The cream of the notes6 |
2017/12 | 講談社文庫 | |
| 78 | 集中力はいらない | 2018/03 | SB新書 | |
| 79 | 読書の価値 | 2018/04 | NHK出版新書 | |
| 80 | MORI Magazine2 | 2018/07 | 大和書房 | |
| 81 | 森籠もりの日々 | 2018/07 | 講談社 | |
| 82 | ジャイロモノレール | 2018/09 | 幻冬舎新書 |